Las BDB están formadas por una sucesión de registros (records) que corresponden a las referencias de los artículos o documentos indizados.

Cada registro se articula en diferentes campos (fields) que contienen la información relativa al documento: autores, título del documento, revista donde se ha publicado, año de publicación, tipo de publicación, etc.

La mayor parte de las BDB contienen dos campos que son fundamentales para aportar información sobre las referencias y facilitar su recuperación como son: un resumen del contenido del artículo y unas palabras clave o descriptores que ayuden a identificar su temática. Además, las BDB más completas y exhaustivas ofrecen una serie de campos donde se define el artículo en función del tipo de documento (artículo original, de revisión, editorial, etc.) o del tipo de diseño (un ensayo clínico, un estudio de cohortes, un metaanálisis, etc.).

Las BDB se consultan mediante un proceso interactivo a través del lenguaje de interrogación que permite combinar los distintos términos seleccionados para la búsqueda gracias a los operadores booleanos. De la combinación de términos (y del campo donde éstos se encuentren), con los operadores booleanos surge el diseño de una estrategia o perfil de búsqueda. Los operadores booleanos son en castellano y en inglés, respectivamente, los siguientes: "Y" (AND), "O" (OR), "NO" (NOT) y nos remiten a los respectivos conceptos de intersección, unión y negación.

Uno de los factores claves para proceder a efectuar una buena búsqueda bibliográfica es acudir en primer lugar al tesauro de la BDB (si es que ésta lo posee ya que algunas BDB no disponen de él). El tesauro es el conjunto ordenado y estructurado de todos los descriptores o palabras clave que se utilizan para describir, indizar y clasificar temáticamente las referencias de una BDB.

Los descriptores son términos estandarizados que los indizadores de la institución que produce la BDB asignan a cada referencia en el proceso de su descripción temática. La misión de los descriptores es la de representar los conceptos principales tratados en los documentos para facilitar así su recuperación.

Los tesauros no proporcionan significados sino que muestran los términos que tienen indizados y sus relaciones de jerarquía y sinonimia con otros términos. En el tesauro cada concepto o significado está representado por un único término o significante y cada término representa un único concepto con la finalidad de resolver los problemas de sinonimia, polisemia y ambigüedad que comporta el lenguaje común y no científico.

El Medical Subject Heading (MeSH) es el tesauro más famoso en el ámbito biomédico. Este tesauro ha sido elaborado por la NLM y se utiliza para indizar todas las BDB creadas y mantenidas por dicha institución, entre ellas MEDLINE. Los descriptores pertenecientes al tesauro del Medical Subject Heading reciben el nombre de lenguaje MeSH. Este vocabulario controlado está formado aproximadamente por unos 19.000 descriptores.

Además del lenguaje de los descriptores o palabras claves, las BDB también pueden ser consultadas a través de búsquedas en lenguaje natural o libre (free text). El lenguaje natural o libre se puede definir como el conjunto de términos o expresiones utilizados coloquialmente, que no forman parte del tesauro y por tanto no son descriptores, y que aparecen en el campo del título o del resumen de la referencia bibliográfica. De hecho, consultar una BDB a través del lenguaje natural es la forma más sencilla, simple e intuitiva de hacerlo. La gran desventaja de las búsquedas por lenguaje libre es que el número de referencias obtenidas suele ser muy elevado, con un gran abundancia de referencias irrelevantes.