Una vez definido el horizonte temporal de análisis, las medidas de resultado y los costes de la intervención, es necesario aplicar la tasa de descuento tanto a los costes como a los resultados en salud.
Como ya se ha mencionado, la utilización de tasas de descuento permite medir en términos de valor presente los costes y resultados producidos a lo largo del tiempo por los diferentes programas analizados.

La tasa de descuento se realiza tanto para los costes, como para los resultados en salud, y suele establecerse entre el 3% y el 5% para los costes e inferior para los resultados.

Existen diferentes aproximaciones metodológicas en la aplicación de la tasa de descuento. No obstante, por lo general, si los costes/resultados ocurren de inmediato, no se aplica tasa de descuento el primer año; si los costes/resultados de salud ocurren al final del año, se aplica tasa de descuento el primer año.