La estructura de la organización también regula los ámbitos de autoridad, responsabilidad y poder que se establecen; éste es el caballo de batalla para los directores de proyectos de las organizaciones funcionales.
Cuando se constituye una gestión por proyectos dentro de una organización funcional, el personal tiene dos jefes, es decir, los individuos que trabajan en el proyecto tienen que responder frente a su jefe de departamento y ante el director del proyecto.
En muchos casos, la valoración del rendimiento de los empleados la hace el jefe de departamento, con lo que las prioridades del trabajador se dirigirán hacia éste.
El director del proyecto tiene responsabilidad, pero no autoridad, porque la estructura de la organización establece un organigrama basado en las funciones que cuenta con poca movilidad.