Identificar cual es el descriptor necesario puede no ser tarea fácil. A la hora de trabajar con los descriptores MeSH suelen surgir los siguientes problemas:
Inconsistencia en la asignación de descriptores. Dado que son múltiples las personas que trabajan en la indización de los documentos, se pueden producir diferencias en el análisis de éstos que acaben generando disparidades en la práctica de asignación de descriptor.
En algunas ocasiones, el término más habitual es el que corresponde al descriptor (por ejemplo, osteoporosis), mientras que en algunos casos los MeSH escogen términos más clínicos y menos habituales en el lenguaje natural (por ejemplo, neoplasms en vez de cancer o tumors). La propuesta de MeSH para paliar tal problema es remitir desde el término no aceptado al aceptado.
Confusión por los orígenes idiomáticos. Los términos MeSH pueden derivar de diferentes idiomas de manera similar a como lo hacen los términos de lenguaje natural, en tal caso puede haber una confusión de descriptores (por ejemplo, cuando se buscan descriptores bajo el denominador Kidney hay que considerar posibilidades con los términos renal o con aquéllos términos que contengan el lexema nephro). MeSH intenta solventar el problema incluyendo las notas de "Consider also" para ofrecer otras posibilidades que pueden haber pasado inadvertidas.
Necesidad de combinar dos descriptores. Un concepto puede estar representado por la unión de dos descriptores (por ejemplo, bronquitis crónica: Bronchitis[MeSH] AND Chronic disease[MeSH]). En algunas ocasiones MEDLINE avisa de posibles combinaciones de término en las notas de ámbito.
Inexistencia de un descriptor para un concepto. Un concepto puede no estar representado enteramente por descriptores, sino que tiene que utilizarse un descriptor y elementos de lenguaje libre (por ejemplo, para recuperar información sobre fumadores pasivos el sistema remite a Tobaco Smoke Pollution, pero al no ser un descriptor que recoge exactamente el significado del concepto sino que es más amplio deberemos identificar algún término, como passive, para buscar en texto libre).
Definición deficiente de los conceptos de relación. Las relaciones de tiempo por conceptos de relación, como prevención primaria o prevención secundaria, no están recogidas en los descriptores y su recuperación mediante texto libre incorpora al resultado una cantidad de ruido importante.
Fragmentación de conceptos en múltiples descriptores. El concepto atención primaria de salud está fragmentado en múltiples descriptores sin relación explícita entre ellos. Así, encontramos los descriptores Primary Health Care, Family Practice, Family Physicians, Ambulatory Care y Community Medicine.
Los conceptos relacionados con la gestión y administración sanitaria están peor indizados que los aspectos clínicos y se hace imprescindible utilizar también texto libre para su recuperación.
