La protección que se otorga a este tipo de colecciones se refiere únicamente a su estructura –en cuanto forma de expresión de la selección o disposición de sus contenidos–, por lo que no hay que confundir la protección que la ley otorga a las bases de datos con la protección de los contenidos, es decir, de las obras que incorporan.

El mayor o menor grado de protección de las bases de datos vendrá delimitado por la distinción entre si es original o no: si la base de datos es original, se protege por el derecho de autor, lo que determina la plena vigencia de los derechos morales y patrimoniales de autor (art. 12 de la Ley de Propiedad Intelectual).

Una base de datos puede ser muy valiosa tanto desde un punto de vista económico como de esfuerzo de realización, incluso en el caso de que la base de datos no sea original. Por este motivo el Derecho le concede una protección como derecho afín, vecino o conexo: como base de datos no original o base de datos sui generis (art. 133). Si bien se trata de un grado de protección inferior (tanto en extensión como en duración de la protección) respecto al de una obra original, al menos no deja a estas bases de datos jurídicamente desprotegidas ante las utilizaciones comerciales que terceros pudieran hacer de ellas. El objetivo final es proteger el trabajo o esfuerzo que se ha invertido en elaborarlas.

En contraposición con la libre consulta que se puede realizar de las obras publicadas por la editorial jurídica Aranzadi –por ejemplo en las bibliotecas públicas–, la misma editorial mantiene una base de datos jurídica en Internet. En este caso, para consultar algunos de los contenidos de la página web se debe abonar una cuota o tarifa. Es un ejemplo de protección sui generis, que se justifica por el esfuerzo realizado para la creación del sistema y el mantenimiento de los datos.

Los contenidos que integran una base de datos pueden ser o no objeto de protección del derecho de autor. Si son objeto de derechos de propiedad intelectual de terceros, el titular de la base de datos deberá haber obtenido autorización legal para reproducir, distribuir o comunicar públicamente dichos contenidos. Además, si el contenido está integrado por datos de carácter personal, le es aplicable la normativa de protección de datos tanto en su obtención como en su cesión.