Por una parte, las posibilidades de búsqueda son muy limitadas. En general, el sistema sólo permite buscar si un término figura en el registro de recursos en la base de datos. En el caso de los directorios, el sistema buscará si el indizador humano ha utilizado este término en su descripción de un recurso. En el caso de los motores, en los cuales el spider indiza todas y cada una de las palabras encontradas en una página web, el sistema buscará si en alguna página de las indizadas se ha encontrado el término introducido por el usuario. En algunos buscadores pueden utilizarse combinaciones booleanas de términos (and, or, not), siempre en un nivel muy elemental, y muy difícilmente se encuentran buscadores que permiten buscar términos en partes concretas de los registros (es decir, que permitan la búsqueda por campos específicos). Las posibilidades de búsqueda de los buscadores están explicadas, normalmente, en un apartado de "Búsqueda avanzada", situado cerca del botón general de búsqueda.

Por otra parte, los recursos que presenta el sistema como resultado de una búsqueda se ordenan de acuerdo con un criterio de relevancia que no es siempre claro. En los motores, el criterio de ordenación se corresponde, en general, con el lugar de la página en la cual se ha encontrado el término buscado (por ejemplo, en el título de la página web, o en los titulares de la página, ordenados, quizá, por el tamaño de la fuente utilizada, etc.). Otro criterio muy utilizado es la frecuencia de aparición del término; así, una página que contiene muchas veces el término buscado por el usuario aparece antes en la lista de resultados que otra página en la cual aparece en menos ocasiones. Sea cual sea el criterio que se utiliza, normalmente el usuario no tiene ninguna información de los mismos, de manera que no puede saber por qué los recursos presentados en primer lugar de la lista son "más relevantes" que los que siguen.

Finalmente, aunque a menudo tenemos la impresión de que los buscadores "ven" toda la red, de hecho tienen una visión más que limitada. Por una parte, ya se ha dicho que los buscadores sólo indizan una parte de la red, de acuerdo con algún criterio de exclusión (partes que se decide no incluir en la base de datos). Sin embargo, por otra parte, hay servicios a los que se accede mediante la Red, pero que no están. Esta parte invisible está constituida por las bases de datos cuya información no existe en forma de página web estática, sino que se genera como resultado de una búsqueda en forma de página web dinámica (es decir, que en respuesta a una búsqueda del usuario, se generan en aquel momento unos resultados que se plasman en una plantilla web, que es lo que el usuario recibe en su pantalla). Dado que los buscadores sólo pueden analizar las páginas estáticas, las que hay en la red, todos estos contenidos en bases de datos son absolutamente invisibles. El buscador puede indizar las páginas estáticas de la base de datos, pero no las dinámicas. Además de este problema de invisibilidad en razón del carácter dinámico de las páginas, muchas de estas bases de datos son de acceso restringido, es decir, requieren una contraseña de acceso, algo que imposibilita normalmente la entrada al buscador. Algunos autores denominan infranet esta parte "invisible" de la red.