| Programación para la bioinformática | Código: M0.152 Créditos: 5 |
La disciplina bioinformática nace hace más de dos décadas como consecuencia de la necesidad de los biólogos para analizar cantidades elevadas de datos biológicos y adquiere gran importancias a raíz de la secuenciación competa de los primeros genomas. Por ejemplo, la creación del catálogo de genes de una especie puede comportar la predicción computacional de diferentes señales génicas a los largo de su genoma (normalmente de varios gigabytes), combinado con el alineamiento entre su secuencia y el genoma de otras especies para localizar regiones funcionales comunes.
En la práctica, la gestión de todos estos procesos y su posterior análisis no pueden ser llevados a cabo eficientemente de forma manual. De hecho, en los últimos años, el ritmo de obtención de datos es tan elevado que las herramientas bioinformáticas se han hecho imprescindibles para su manejo.
La programación bioinformática se dedica al desarrollo de programas para organizar, analizar y visualizar cantidades enormes de datos biológicos.
Es una asignatura muy aconsejable para perfiles biosanitarios. Se aconseja cursarla conjuntamente con Herramientas Informáticas para la Bioinformática.
La asignatura tiene por objetivo aprender a plantear soluciones algorítmicas a problemas bioinformáticos y a implementarlas en lenguaje Python. Para ello se trabajan las siguientes competencias del Máster:
Competencia específica:
CE3- Adquirir las habilidades técnicas apropiadas para la bioinformática, como programación, creación y gestión de bases de datos, creación de páginas web, análisis y diseño de algoritmos, y conocer su uso y aplicación en la bioinformática.
Competencias transversales:
CT2- Capacidad para la comunicación oral y escrita para la vida académica y profesional.
CT3- Capacidad para proponer soluciones innovadoras y tomar de decisiones.
CT5- Capacidad para la comprensión, el análisis y la síntesis.
CT6- Capacidad para el diseño y la gestión de proyectos.
- Instalación y configuración del entorno de programación Python
- Herramientas del entorno Python
- Primeros pasos
- Breve introducción a la programación en Python
- Introducción al lenguaje de programación Python
- Sintaxis básica del lenguaje de programación Python
- Primer programa
- Conceptos avanzados de Python
- Control de flujo
- Funciones y estructuras lógicas
- Librerías científicas en Python
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- Librerías matemáticas
- Librerías para la representación gráfica
- ADN, ARN, secuencias y motivos
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- Biopython
- Testing y calidad del software
- Pruebas de software
- Testing aplicado a problemas bioinformáticos
| Material | Soporte |
| Máquina virtual de 32 bits | Software en línea |
| Máquina virtual de 64 bits | Software en línea |
En cada unidad encontraréis el material necesario para realizar un trabajo práctico. Esto incluye teoría, referencias bibliográficas, enlaces, enunciado y software necesario para desarrollarlo. Con esto se pretende que os familiarizéis con el contenido a través de la práctica (learn by doing).
El material está disponible en aula desde donde se accede a la wiki de la asignatura.
El entorno de programación que se propone utilizará una máquina virtual con la distribución Lubuntu 16.10 instalada y que correrá sobre la arquitectura Oracle VM VirtualBox (https://www.virtualbox.org/). La máquina virtual ya dispone de todas las librerías Python instaladas que se necesitan . La versión de Python escogida es la última estable de las series 2.7. Los módulos con los contenidos son notebooks IPython (http://ipython.org/notebook.html) que permiten ejecutar los ejemplos y ejercicios propuestos desde el navegador web y con la posibilidad de modificarlos para una mejor comprensión.
- Dive into Python (versión para Python 2.7, inglés): http://www.diveintopython.net/download/diveintopython-pdf-5.4.zip. En la página oficial también puede descargarse la traducción al español.
- Python for Bioinformatics. ISBN-10: 0-7637-5186-3
- Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data. ISBN-10: 059615450X.
- Bioinformatics with Python Cookbook. ISBN-10: 1-78355-865-2.
- Python Succinctly (en inglés, ebook gratuito): http://www.syncfusion.com/resources/techportal/details/ebooks/python
Esta es una asignatura práctica con evaluación continuada a través de seis PEC. A través de trabajos prácticos se debe demostrar que se comprende y saben aplicar los conceptos estudiados a lo largo de la asignatura, y por tanto se adquiere la competencia adecuada.
Cada unidad tiene asociada su PEC. La PEC empezará al inicio del módulo y se deberá entregar antes del inicio del siguiente siguiendo el calendario previsto.
Aunque los materiales de la asignatura son suficientes para resolver la PEC cada unidad tendrá además su propio foro para que estudiantes y consultores abran un canal de discusión.
La Normativa académica de la UOC dispone que el proceso de evaluación se fundamenta en el trabajo personal del estudiante y presupone la autenticidad de la autoría y la originalidad de los ejercicios realizados.
La falta de originalidad en la autoría o el mal uso de las condiciones en las que se hace la evaluación de la asignatura es una infracción que puede tener consecuencias académicas graves.
El estudiante será calificado con un suspenso (D/0) si se detecta falta de originalidad en la autoría de alguna actividad evaluable (práctica, prueba de evaluación continua (PEC) o final (PEF), o la que se defina en el plan docente), ya sea porque ha utilizado material o dispositivos no autorizados, ya sea porque ha copiado de forma textual de internet, o ha copiado de apuntes, de materiales, manuales o artículos (sin la citación correspondiente) o de otro estudiante, o por cualquier otra conducta irregular.
La calificación de suspenso (D/0) en la evaluación continua (EC) puede conllevar la obligación de hacer el examen presencial para superar la asignatura (si hay examen y si superarlo es suficiente para superar la asignatura según indique este plan docente).
Cuando esta mala conducta se produzca durante la realización de las pruebas de evaluación finales presenciales, el estudiante puede ser expulsado del aula, y el examinador hará constar todos los elementos y la información relativos al caso.
Además, esta conducta puede dar lugar a la incoación de un procedimiento disciplinario y la aplicación, si procede, de la sanción que corresponda.
La UOC habilitará los mecanismos que considere oportunos para velar por la calidad de sus titulaciones y garantizar la excelencia y la calidad de su modelo educativo.
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La asignatura solo puede aprobarse con el seguimiento y la superación de la evaluación continua (EC). La calificación final de la asignatura es la nota obtenida en la EC. |
Nota final de asignatura: EC
La evaluación contiua consta de seis pruebas (PEC), una para cada unidad de contenido. Las PEC deben resolverse de manera individual, entregarse a tiempo (no se considerarán entregas posteriores a la fecha límite salvo en excepciones médicas o contempladas en la normativa UOC).
La evaluación final de la asignatura se hará en base a los siguientes porcentajes:
- PEC1: 5%
- PEC2: 10%
- PEC3: 10%
- PEC4: 30%
- PEC5: 30%
- PEC6: 15%
Tanto el aprendizaje como la práctica continuada son fundamentales para el aprendizaje. Por ello, se debe seguir la evaluación continua para poder alcanzar los objetivos de la asignatura.
Asimismo, se considera que el retorno de las actividades es un elemento clave en el aprendizaje. Por ello, el consultor proporcionará un feedback de cada actividad que, será individual en el caso de calificaciones C+ y C-.