Programación para la bioinformática Código:  M0.152    :  5
Consulta de los datos generales   Descripción   La asignatura en el conjunto del plan de estudios   Objetivos y competencias   Contenidos   Consulta de los materiales de los que dispone la asignatura   Materiales y herramientas de apoyo   Informaciones sobre la evaluación a la UOC   Consulta del modelo de evaluación  
ATENCIÓN: Esta información recoge los apartados del plan docente de la asignatura durante el último semestre con docencia. Al iniciar el periodo de matrícula, podrás consultar el calendario y modelo de evaluación para el siguiente semestre en Secretaría/ Matrícula / Horarios pruebas de evaluación final.

La disciplina bioinformática nace hace más de dos décadas como consecuencia de la necesidad de los biólogos para analizar cantidades elevadas de datos biológicos y adquiere gran importancias a raíz de la secuenciación competa de los primeros genomas. Por ejemplo, la creación del catálogo de genes de una especie puede comportar la predicción computacional de diferentes señales génicas a los largo de su genoma (normalmente de varios gigabytes), combinado con el alineamiento entre su secuencia y el genoma de otras especies para localizar regiones funcionales comunes.

En la práctica, la gestión de todos estos procesos y su posterior análisis no pueden ser llevados a cabo eficientemente de forma manual. De hecho, en los últimos años, el ritmo de obtención de datos es tan elevado que las herramientas bioinformáticas  se han hecho imprescindibles para su manejo.

La programación bioinformática se dedica al desarrollo de programas para organizar, analizar y visualizar cantidades enormes de datos biológicos.

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Es una asignatura muy  aconsejable para perfiles biosanitarios. Se aconseja cursarla conjuntamente con Herramientas Informáticas para la Bioinformática.

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La asignatura tiene por objetivo aprender a plantear soluciones algorítmicas a problemas bioinformáticos y a implementarlas en lenguaje Python. Para ello se  trabajan las siguientes competencias del Máster:
 
Competencia específica:

CE3- Adquirir las habilidades técnicas apropiadas para la bioinformática, como programación, creación y gestión de bases de datos, creación de páginas web, análisis y diseño de algoritmos, y conocer su uso y aplicación en la bioinformática.
 
  
Competencias transversales:  
 
CT2- Capacidad para la comunicación oral y escrita para la vida académica y  profesional.

CT3- Capacidad para proponer soluciones innovadoras y tomar de decisiones.

CT5- Capacidad para la comprensión, el análisis y la síntesis.

CT6- Capacidad para el diseño y la gestión de proyectos.

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  1. Instalación y configuración del entorno de programación Python
    1. Herramientas del entorno Python
    2. Primeros pasos
  2. Breve introducción a la programación en Python
    1. Introducción al lenguaje de programación Python
    2. Sintaxis básica del lenguaje de programación Python
    3. Primer programa
  3. Conceptos avanzados de Python
    1. Control de flujo
    2. Funciones y estructuras lógicas
  4. Librerías científicas en Python
    1. Librerías matemáticas
    2. Librerías para la representación gráfica
  5. ADN, ARN, secuencias y motivos
    1. Biopython
  6. Testing y calidad del software
    1. Pruebas de software
    2. Testing aplicado a problemas bioinformáticos

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Wiki Web
Máquina virtual de programación para la bioinformática Software en línea

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En cada unidad encontraréis el material necesario para realizar un trabajo práctico. Esto incluye teoría, referencias bibliográficas, enlaces, enunciado y software necesario para desarrollarlo. Con esto se pretende que os familiarizéis con el contenido a través de la práctica (learn by doing).

El material está disponible en aula desde donde se accede a la wiki de la asignatura. 

El entorno de programación que se propone utilizará una máquina virtual con la distribución Lubuntu 16.10 instalada y que correrá sobre la arquitectura Oracle VM VirtualBox (https://www.virtualbox.org/). La máquina virtual ya dispone de todas las librerías Python instaladas que se  necesitan . La versión de Python escogida es la última estable de las series 2.7. Los módulos con los contenidos son notebooks IPython (http://ipython.org/notebook.html) que permiten ejecutar los ejemplos y ejercicios propuestos desde el navegador web y con la posibilidad de modificarlos para una mejor comprensión.



 

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La Normativa académica de la UOC dispone que el proceso de evaluación se fundamenta en el trabajo personal del estudiante y presupone la autenticidad de la autoría y la originalidad de los ejercicios realizados.

La falta de originalidad en la autoría o el mal uso de las condiciones en las que se hace la evaluación de la asignatura es una infracción que puede tener consecuencias académicas graves.

El estudiante será calificado con un suspenso (D/0) si se detecta falta de originalidad en la autoría de alguna actividad evaluable (práctica, prueba de evaluación continua (PEC) o final (PEF), o la que se defina en el plan docente), ya sea porque ha utilizado material o dispositivos no autorizados, ya sea porque ha copiado de forma textual de internet, o ha copiado de apuntes, de materiales, manuales o artículos (sin la citación correspondiente) o de otro estudiante, o por cualquier otra conducta irregular.

La calificación de suspenso (D/0) en la evaluación continua (EC) puede conllevar la obligación de hacer el examen presencial para superar la asignatura (si hay examen y si superarlo es suficiente para superar la asignatura según indique este plan docente).

Cuando esta mala conducta se produzca durante la realización de las pruebas de evaluación finales presenciales, el estudiante puede ser expulsado del aula, y el examinador hará constar todos los elementos y la información relativos al caso.

Además, esta conducta puede dar lugar a la incoación de un procedimiento disciplinario y la aplicación, si procede, de la sanción que corresponda.

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Esta asignatura sólo puede superarse a partir de la evaluación continua (EC). La nota final de evaluación continua se convierte en la nota final de la asignatura. La fórmula de acreditación de la asignatura es la siguiente: EC.

 

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