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Consulta de los datos generales Descripción La asignatura en el conjunto del plan de estudios Campos profesionales en el que se proyecta Conocimientos previos Información previa a la matrícula Objetivos y competencias Contenidos Consulta de los materiales de los que dispone la asignatura Materiales y herramientas de apoyo Informaciones sobre la evaluación a la UOC Consulta del modelo de evaluación | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Este es el plan docente de la asignatura para el segundo semestre del curso 2023-2024. Podéis consultar si la asignatura se ofrece este semestre en el espacio del campus Más UOC / La universidad / Planes de estudios). Una vez empiece la docencia, tenéis que consultarlo en el aula. El plan docente puede estar sujeto a cambios. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
La investigación en Bioinformática suele consistir la mayoría de las veces en el análisis a nivel genómico a gran escala de grandes cantidades de datos. Por ejemplo, la creación del catálogo de genes de una especie puede comportar la predicción computacional de diferentes señales génicas a lo largo de su genoma (normalmente, varios Gigabytes) combinado con el alineamiento entre su secuencia y el genoma de otras especies para localizar regiones funcionales comunes. En la práctica, la gestión de todos estos procesos y su posterior análisis no pueden ser llevados a cabo eficientemente de forma manual. Así, mediante programas y scripts desarrollados para cada problema concreto se planifica automáticamente la ejecución de cada bloque del protocolo que lleva a una posible solución del problema. En una típica infraestructura bioinformática, los genomas se encuentran almacenados localmente en disco para evitar esperas en el acceso por la red. Además, los programas de procesamiento y análisis de esas secuencias también son almacenados en el propio ordenador para automatizar el proceso. Es por ello que esta asignatura se centra en introducir las nociones básicas que un estudiante de bioinformática debe poseer sobre el manejo del sistema operativo más popular en estas instalaciones (GNU/LINUX), uso de scripts en shell (pequeñas funciones de análisis basadas en herramientas básicas del sistema operativo), el formato de datos típico para la publicación de datos en la red (HTML, PHP) y la gestión de éstos en bases de datos locales (MySQL). El conocimiento de estos sistemas no impide su combinación durante el resto del curso con resultados preliminares provenientes de aplicaciones ejecutadas en un servidor externo con cualquiera de los navegadores más populares, pues en la combinación de ambos paradigmas (protocolos locales + uso de servidores Web) descansa la mayor parte del éxito de la bioinformática en entornos de investigación en la Biología molecular moderna. |
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Esta asignatura representa el paso introductorio necesario desde el punto de vista técnico para enfrentarse a los siguientes módulos dedicados a la genómica, el análisis de experimentos masivos y la biología estructural. |
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La Bioinformática. Cualquier especialización posterior suele requerir del conocimiento de las técnicas generales mostradas en este curso. En concreto, los resultados del aprendizaje de esta asignatura pueden resumirse en los siguientes puntos:
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Formalmente no es necesario disponer de conocimientos previos específicos para cursar esta asignatura. No obstante, el correcto desarrollo de las pruebas de evaluación continua de esta asignatura puede necesitar un esfuerzo adicional para aquellas personas con ninguna o poca experiencia de trabajo en entornos Linux. Para aquellos estudiantes sin nociones previas de programación es aconsejable cursar también "Programación para la Bioinformática". |
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No hay restricciones de acceso. Está especialmente aconsejada para perfiles biosanitarios, o para aquellos estudiantes que no tengan ninguna experiencia en el manejo de entornos Linux. Para aquellos estudiantes sin nociones previas de programación es aconsejable cursar también "Programación para la Bioinformática", donde se ven los conceptos relativos a la programacion de scripts (Perl, Python) para automatizar protocolos de analisis de datos bioinformaticos a gran escala. Los materiales docentes de esta asignatura se proporcionan únicamente en español. Las actividades docentes así como las intervenciones del Profesor Colaborador se realizarán en catalán y en español. |
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Una vez finalizada esta asignatura, el estudiante debería estar familiarizado con la forma de trabajar en línea de comandos de entornos GNU/LINUX, en especial con aquellos orientados al análisis a gran escala de datos bioinformáticos, mediante la combinación de resultados generados por varios programas. A su vez, la publicación de estos protocolos en forma de servidor y de los resultados almacenados en una base de datos relacional en forma de página web serán también objetivos primarios de esta asignatura. Más concretamente, son objetivos básicos: 1) Manejo básico del intérprete de comandos de GNU/LINUX 2) Descarga y manipulación de datos bioinformáticos 3) Publicación de datos y servidores en Internet (HTML, PHP y CGI) 4) Almacenamiento de resultados en bases de datos relacionales (MySQL) Con estos conocimientos, el estudiante debería estar preparado para integrarse en un entorno laboral bioinformático, adaptándose progresivamente después a las particularidades de cada equipo de investigación. Competencias básicas y generales:
Competencias transversales:
Competencias específicas:
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Los contenidos de la asignatura están organizados en cinco bloques temáticos:
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TEMA1: Introducción a los entornos de trabajo UNIX 1.1. Arquitectura de un ordenador TEMA 2: Gestión de datos con MySQL 2.1. Bases de datos relacionales TEMA 3: Publicación de datos en Internet 3.1. Fundamentos de comunicación en la Red TEMA 4: Implementación de servidores en Internet 4.1. Protocolos bioinformáticos remotos
Es imprescindible para una correcta adquisición de estos conocimientos la práctica exhaustiva en una plataforma UNIX de todos los ejemplos introducidos en estos materiales. La ordenación establecida intenta seguir un orden lógico de forma que cada tema es necesario para profundizar en el tema siguiente de estos materiales. |
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La Normativa académica de la UOC dispone que el proceso de evaluación se fundamenta en el trabajo personal del estudiante y presupone la autenticidad de la autoría y la originalidad de los ejercicios realizados. La falta de originalidad en la autoría o el mal uso de las condiciones en las que se hace la evaluación de la asignatura es una infracción que puede tener consecuencias académicas graves. El estudiante será calificado con un suspenso (D/0) si se detecta falta de originalidad en la autoría de alguna actividad evaluable (práctica, prueba de evaluación continua (PEC) o final (PEF), o la que se defina en el plan docente), ya sea porque ha utilizado material o dispositivos no autorizados, ya sea porque ha copiado de forma textual de internet, o ha copiado de apuntes, de materiales, manuales o artículos (sin la citación correspondiente) o de otro estudiante, o por cualquier otra conducta irregular. La calificación de suspenso (D/0) en la evaluación continua (EC) puede conllevar la obligación de hacer el examen presencial para superar la asignatura (si hay examen y si superarlo es suficiente para superar la asignatura según indique este plan docente). Cuando esta mala conducta se produzca durante la realización de las pruebas de evaluación finales presenciales, el estudiante puede ser expulsado del aula, y el examinador hará constar todos los elementos y la información relativos al caso. Además, esta conducta puede dar lugar a la incoación de un procedimiento disciplinario y la aplicación, si procede, de la sanción que corresponda. La UOC habilitará los mecanismos que considere oportunos para velar por la calidad de sus titulaciones y garantizar la excelencia y la calidad de su modelo educativo. |
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