|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Consulta de les dades generals Descripció L'assignatura en el conjunt del pla d'estudis Camps professionals en què es projecta Coneixements previs Informació prèvia a la matrícula Objectius i competències Continguts Consulta dels recursos d'aprenentatge de què disposa l'assignatura Recursos d'aprenentatge i eines de suport Informacions sobre l'avaluació a la UOC Consulta del model d'avaluació | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Aquest és el pla docent de l'assignatura per al segon semestre del curs 2023-2024. Podeu consultar si l'assignatura s'ofereix aquest semestre a l'espai del campus Més UOC / La universitat / Plans d'estudis). Un cop comenci la docència, heu de consultar-lo a l'aula. El pla docent pot estar subjecte a canvis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
La recerca en Bioinformàtica sol consistir la majoria de les vegades en l'anàlisi a nivell genòmic a gran escala de grans quantitats de dades. Per exemple, la creació del catàleg de gens d'una espècie pot comportar la predicció computacional de diferents senyals genètics al llarg del seu genoma (normalment, diversos Gigabytes) combinat amb l'alineament entre la seva seqüència i el genoma d'altres espècies per localitzar regions funcionals comunes. En la pràctica, la gestió de tots aquests processos i la seva posterior anàlisi no poden ser duts a terme eficientment de forma manual. Així, mitjançant programes i scripts desenvolupats per a cada problema concret es planifica automàticament l'execució de cada bloc del protocol que porta a una possible solució del problema. En una típica infraestructura bioinformàtica, els genomes es troben emmagatzemats localment al disc per evitar esperes en l'accés per xarxa. A més, els programes de processament i anàlisi d'aquestes seqüències també són emmagatzemats al propi ordinador per automatitzar el procés. És per això que aquesta assignatura es centra a introduir les nocions bàsiques que un estudiant de bioinformàtica ha de posseir sobre el maneig del sistema operatiu més popular en aquestes instal·lacions (GNU/LINUX), ús de scripts al shell (petites funcions d'anàlisis basades en eines bàsiques del sistema operatiu), el format de dades típic per a la publicació de dades a la xarxa (HTML, PHP) i la gestió d'aquests en bases de dades locals (MySQL). El coneixement d'aquests sistemes no impedeix la seva combinació durant la resta del curs amb resultats preliminars provinents d'aplicacions executades en un servidor extern amb qualsevol dels navegadors més populars, doncs en la combinació de tots dos paradigmes (protocols locals + ús de servidors Web) es recolza la major part de l'èxit de la bioinformàtica en entorns de recerca en la Biologia molecular moderna. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dins del programa, aquesta assignatura representa el pas introductori necessari des del punt de vista tècnic per enfrontar-se a les següents assignatures dedicades a la genòmica, l'anàlisi d'experiments massius i la biologia estructural. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
La Bioinformàtica. Qualsevol especialització posterior sol requerir del coneixement de les tècniques generals mostrades en aquest curs. En concret, els resultats de l'aprenentatge d'aquesta assignatura poden resumir-se en els següents punts:
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Formalment no és necessari disposar de coneixements previs específics per cursar aquesta assignatura. No obstant, el correcte desenvolupament de les proves d'avaluació continuada d'aquesta assignatura poden necessitar un esforç addicional per aquelles persones amb cap o poca experiència de treball en entorns Linux. Per aquells estudiants sense nocions prèvies de programació és aconsellable cursar també "Programació per la Bioinformàtica". |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
No existeixen restriccions d'accés. Està especialment aconsellada per a perfils biosanitaris, o per aquells estudiants que no tinguin cap experiència en el maneig d'entorns Linux. Per aquells estudiants sense nocions prèvies de programació és aconsellable cursar també "Programació per la Bioinformàtica", on es veuen els conceptes relatius a la programació de scripts (Perl, Python) per automatitzar protocols d'anàlisi de dades bioinformàtiques a gran escala. Els materials docents d'aquesta assignatura es proporcionen únicament en espanyol. Les activitats docents així com les intervencions del Professor Col·laborador es faran en català i espanyol. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Una vegada finalitzat aquesta assignatura, l'estudiant hauria d'estar familiaritzat amb la forma de treballar en línia de comandes d'entorns GNU/LINUX, especialment amb aquells orientats a l'anàlisi a gran escala de dades bioinformàtiques, mitjançant la combinació de resultats generats per diversos programes. Al seu torn, la publicació d'aquests protocols en forma de servidor i dels resultats emmagatzemats en una base de dades relacional en forma de pàgina web seran també objectius primaris d'aquesta assignatura. Més concretament, són objectius bàsics:
Amb aquests coneixements, l'estudiant hauria d'estar preparat per integrar-se en un entorn laboral bioinformàtic, adaptant-se progressivament després a les particularitats de cada grup de recerca. Competències bàsiques i generals:
Competències transversals:
Competències específiques:
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Els continguts de l'assignatura estan organitzats en cinc blocs temàtics:
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TEMA1: Introducció als entorns de treball UNIX 1.1. Arquitectura d'un ordinador TEMA 2: Gestió de dades amb MySQL 2.1. Bases de dades relacionals TEMA 3: Publicació de dades en Internet 3.1. Fonaments de comunicació a la Xarxa TEMA 4: Implementació de servidors en Internet 4.1. Protocols bioinformáticos remots
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
La Normativa acadèmica de la UOC disposa que el procés d'avaluació es fonamenta en el treball personal de l'estudiant i pressuposa l'autenticitat de l'autoria i l'originalitat dels exercicis fets. La manca d'originalitat en l'autoria o el mal ús de les condicions en què es fa l'avaluació de l'assignatura és una infracció que pot tenir conseqüències acadèmiques greus. Es qualificarà l'estudiant amb un suspens (D/0) si es detecta manca d'originalitat en l'autoria d'alguna activitat avaluable (pràctica, prova d'avaluació contínua (PAC) o final (PAF), o la que es defineixi al pla docent), sigui perquè ha utilitzat material o dispositius no autoritzats, sigui perquè ha copiat textualment d'internet, o ha copiat d'apunts, de materials, de manuals o d'articles (sense la citació corresponent), d'altres estudiants, o per qualsevol altra conducta irregular. La qualificació de suspens (D/0) en les qualificacions finals d'avaluació contínua pot comportar l'obligació de fer l'examen presencial per a superar l'assignatura (si hi ha examen i si superar-lo és suficient per a superar l'assignatura segons indiqui el pla docent). Quan aquesta mala conducta es produeixi durant la realització de les proves d'avaluació finals presencials, l'estudiant pot ser expulsat de l'aula, i l'examinador farà constar tots els elements i la informació relatius al cas. D'altra banda, aquesta conducta pot donar lloc a la incoació d'un procediment disciplinari i l'aplicació, si escau, de la sanció que correspongui. La UOC habilitarà els mecanismes que consideri oportuns per a vetllar per la qualitat de les seves titulacions i garantir l'excel·lència i la qualitat del seu model educatiu. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|