| Programació per a la bioinformàtica | Codi: M0.152 : 5 |
La disciplina bioinformàtica neix fa més de dues dècades com a conseqüència del a necessitat dels biòlegs per analitzar quantitats elevades de dades biològiques i adquireix gran importàncies arran de la seqüenciació competeixi dels primers genomes. Per exemple, la creació del catàleg de gens d'una espècie pot comportar la predicció computacional de diferents senyals gènics als llarg del seu genoma (normalment de diversos gigabytes), combinat amb l'alineament entre la seva seqüència i el genoma d'altres espècies per localitzar regions funcionals comunes.
En la pràctica, la gestió de tots aquests processos i la seva posterior anàlisi no poden ser duts a terme eficientment de forma manual. De fet, en els últims anys, el ritme d’obtenció de dades és tan elevat qui les eines bioinformàtiques s'han fet imprescindibles per al seu maneig.
La programació bioinformàtica es dedica al desenvolupament de programes per organitzar, analitzar i visualitzar quantitats enormes de dades biològiques.
És una assignatura molt aconsellable per a perfils biosanitaris. S'aconsella cursar-la conjuntament amb Eines Informàtiques per la Bioinformática.
Si no es tenen coneixements mínims de maneig de l'entorn Linux i de les línies de comandes bàsiques es suggereix de cursar prèviament l'assignatura de Eines informàtiques per a la bioinformática.
L'assignatura té per objectiu aprendre a plantejar solucions algorítmiques a problemes bioinformàtics i a implementar-les en llenguatge Python. Per a això es treballen les següents competències del Màster:
Competència específica:
CE3- Adquirir les habilitats tècniques apropiades per a la bioinformàtica, com a programació, creació i gestió de bases de dades, creació de pàgines web, anàlisis i disseny d'algorismes, i conèixer el seu ús i aplicació en la bioinformàtica.
Competències transversals:
CT2- Capacitat per a la comunicació oral i escrita per a la vida acadèmica i professional.
CT3- Capacitat per proposar solucions innovadores i prendre de decisions.
CT5- Capacitat per a la comprensió, l'anàlisi i la síntesi.
CT6- Capacitat per al disseny i la gestió de projectes.
Els continguts en format xWiki a la que podreu accedir des de l'apartat de Materials contenen les següents unitats:
- Instalació i configuració de l'entorn de programació Python
- Eines de l'entorn Python
- Primeres passes
- Breu introducció a la programació en Python
- Introducció al llenguatge de programació Python
- Sintaxi bàsica del llenguatge de programació Python
- Primer programa
- Conceptes avançats de Python
- Control de flux
- Funcions i estructures lògiques
- Llibreries científiques en Python
- Llibreries matemàtiques
- Llibreries per a la representació gràfica
- ADN, ARN, seqüències i motius
- Biopython
- Testing i qualitat del programari
- Proves de programari
- Testing aplicat a problemes bioinformàtics
| Máquina virtual de 32 bits | Programari en línia |
| Programació per a la bioinformàtica | Web |
| Programación para la bioinformática | Web |
| Máquina virtual de 64 bits | Programari en línia |
A cada unitat trobareu el material necessari per a realitzar el treball pràctic. Això inclou teoria, referències bibliogràfiques, enllaços, enunciat i programari necessari per a desenvolupar-la. Amb això pretenem que us familiaritzeu amb el contingut a través de la pràctica (learn by doing).
El material està disponible a aula des d'on s'accedeix a la wiki de l'assignatura (per ara només disponibles en castellà).
L'entorn de programació que proposem utitlitzarà una màquina virtual amb la distribució Lubuntu 18.04 LTS instal·lada i que funcionarà sobre l'arquitectura Oracle VM VirtualBox (https://www.virtualbox.org/). La màquina virtual ja disposa de totes les llibreríes Python instal·lades que es necessiten. La versió de Python escollida és la darrera estable de les sèries 3.6. Els mòduls amb els continguts són notebooks Jupyter (http://ipython.org/notebook.html) que permeten executar els exemples i exercicis proposats des del navegador web i amb la possibilitat de modificar-los per una millor comprensió.
La Normativa acadèmica de la UOC disposa que el procés d'avaluació es fonamenta en el treball personal de l'estudiant i pressuposa l'autenticitat de l'autoria i l'originalitat dels exercicis fets.
La manca d'originalitat en l'autoria o el mal ús de les condicions en què es fa l'avaluació de l'assignatura és una infracció que pot tenir conseqüències acadèmiques greus.
Es qualificarà l'estudiant amb un suspens (D/0) si es detecta manca d'originalitat en l'autoria d'alguna activitat avaluable (pràctica, prova d'avaluació contínua (PAC) o final (PAF), o la que es defineixi al pla docent), sigui perquè ha utilitzat material o dispositius no autoritzats, sigui perquè ha copiat textualment d'internet, o ha copiat d'apunts, de materials, de manuals o d'articles (sense la citació corresponent), d'altres estudiants, o per qualsevol altra conducta irregular.
La qualificació de suspens (D/0) en les qualificacions finals d'avaluació contínua pot comportar l'obligació de fer l'examen presencial per a superar l'assignatura (si hi ha examen i si superar-lo és suficient per a superar l'assignatura segons indiqui el pla docent).
Quan aquesta mala conducta es produeixi durant la realització de les proves d'avaluació finals presencials, l'estudiant pot ser expulsat de l'aula, i l'examinador farà constar tots els elements i la informació relatius al cas.
D'altra banda, aquesta conducta pot donar lloc a la incoació d'un procediment disciplinari i l'aplicació, si escau, de la sanció que correspongui.
La UOC habilitarà els mecanismes que consideri oportuns per a vetllar per la qualitat de les seves titulacions i garantir l'excel·lència i la qualitat del seu model educatiu.
|
Aquesta assignatura només es pot superar a partir de l'avaluació contínua (AC). La nota final d'avaluació contínua esdevé la nota final de l'assignatura. La fórmula d'acreditació de l'assignatura és la següent: AC. |