| Programari per a l'anàlisi de dades | Codi: M0.153 : 5 |
- Paquet estadístic R: El paquet estadístic R és un dels més flexibles i potents per al tractament i anàlisi de les dades, des dels més elementals als més avançats. Aquest programari està desenvolupat i mantingut per la comunitat científica internacional. És, a més, un programa gratuït i es descarrega de forma fàcil i segura.
Per a això s'introdueixen tasques senzilles per al maneig de dades estadístiques, la simulació de variables aleatòries en els casos univariables i multivariants, el maneig de bases de dades, la representació gràfica i la programació de tasques estadístiques amb el llenguatge de programació inclòs en R. Aquesta assignatura està inclosa en el pla d'estudis del Màster en Bioinformàtica i Bioestadística, per la qual cosa els exemples i exercicis s'emmarcaran en el camp de les ciències de la vida i la salut.
Al final de l'assignatura, l'alumne serà capaç de realitzar operacions de maneig de dades univariables i multivariants, incloent emmagatzematge, recuperació, creació d'estructures de dades i representació gràfica dels mateixos. A més, estarà capacitat per simular variables aleatòries, programar diferents rutines estadístiques i repassar algunes operacions algebraiques. Tot això servirà per programar i analitzar dades en qualsevol àmbit, en particular l'àmbit de la Bioinformàtica i la Bioestadística.
No són necessaris coneixements previs més enllà dels generals del curs, com la comprensió lectora en anglès per entendre els materials del curs i coneixements bàsics d'àlgebra lineal
- Aprendre a usar R com a programari estadístic avançat i lliure
- Aprendre a usar les principals interfícies i IDEs de R (i.g., R Commander, R Studio, etc.)
- Aprendre a usar R com a llenguatge de programació
- Aprendre a usar els principals paquets (llibreries) de R associats als continguts de bioinformàtica i bioestadística
En el context general del Màster en Bioinformática i Bioestadística, es concreta a continuació les diferents competències de l'assignatura:
Competències bàsiques i generals:
- Totes les competències bàsiques del màster.
- Totes les competències generals del màster.
- CT1- Capacitat d'iniciativa, d'automotivació i de treballar de forma independent.
- CT3- Capacitat per proposar solucions innovadores i prendre de decisions.
- CT5- Capacitat per a la comprensió, l'anàlisi i la síntesi.
Competències específiques:
- CE2- Adquirir les habilitats tècniques apropiades per la bioinformàtica, com a programació, creació i gestió de bases de dades, creació de pàgines web, anàlisis i disseny d'algorismes, i conèixer el seu ús i aplicació en la bioinformàtica.
- CE3- Conèixer els principis bàsics d'inferència estadística i entendre el seu paper fonamental en la bioestadística.
- CE4- Conèixer els principals mètodes de regressió adequats a diferents tipus de dades, saber ajustar els models apropiats i saber com avaluar la bondat de l'ajust.
- CE6- Adquirir la capacitat de manejar, gestionar, interpretar i analitzar grans volums de dades usant programari estadístic adequat com el llenguatge estadístic R.
- CE8- Conèixer les eines de programari estadístic adequades per als diferents problemes de modelització i anàlisi de dades.
- CE13- Conèixer aspectes ètics i legals relacionats amb el desenvolupament de productes i l'àmbit empresarial de la bioinformàtica i la bioestadística.
- Instal¿lació i configuració de R, R Studio, i R Commander
- Ús de R com a eina per a l'anàlisi de dades en bioinformàtica i bioestadística
- Ús de R com a llenguatge de programació en bioinformàtica i bioestadística
- Principals paquets (llibreries) de R en bioinformàtica i bioestadística
1. Presentació de l'assignatura. Programa R. Instal¿lació.
2. El Llenguatge R
2.2. Tipus de variables en R.
2.3. Funcions en R.
2.4 Vectors lògics i operadors relacionals
2.5. Data input & output.
2.6. Exercicis del tema
3.2 Funcions dels gràfics.
3.3 Exercicis de repàs de gràfic
4. Programació amb R
4.2 Programació Eficient
4.3 Les funcions amb R
4.4 Consells per a la programació.
4.5 Exercicis de Programació
5. Recerca reproduïble
5.2 Markdown and R Markdown
5.3 Knitr
6. Simulació amb R.
6.2 Generació de nombres aleatoris
6.3 Mostra i simulació de distribucions típiques.
6.5 Exercicis de simulació
7. Gràfics per a publicacions.
7.2 Símbols Matemàtics en els gràfics
7.3 Lattice()
7.4 Panell de Gràfics
| Introducción al lenguaje R, Rstudio y R Markdown | |
| Introducció al llenguatge R, RStudio y R Markdown | |
| Estadística descriptiva y gráficos con R | |
| Estadística descriptiva i gràfics amb R | |
| Fundamentos de programación y acceso a base de datos en R | |
| Fonaments de programació i accés a base de dades en R | |
| Probabilidad y simulación con R | |
| Probabilitat i simulació amb R | |
| Introducción al machine learning con R | |
| Introducció al machine learning amb R | |
| Paquetes de R para la bioinformática | |
| Paquets de R per a la bioinformàtica |
Materiales básicos:
A First Course in Statistical Programming with R (e-book).
Materiales complementarios:
Crawley, M (2009). The R Book.
Mathur (2010). Statistical Bioinformatics with R.
Logan, M. (2010): Biostatistical Design and Analysis Using R: A Practical Guide.
La Normativa acadèmica de la UOC disposa que el procés d'avaluació es fonamenta en el treball personal de l'estudiant i pressuposa l'autenticitat de l'autoria i l'originalitat dels exercicis fets.
La manca d'originalitat en l'autoria o el mal ús de les condicions en què es fa l'avaluació de l'assignatura és una infracció que pot tenir conseqüències acadèmiques greus.
Es qualificarà l'estudiant amb un suspens (D/0) si es detecta manca d'originalitat en l'autoria d'alguna activitat avaluable (pràctica, prova d'avaluació contínua (PAC) o final (PAF), o la que es defineixi al pla docent), sigui perquè ha utilitzat material o dispositius no autoritzats, sigui perquè ha copiat textualment d'internet, o ha copiat d'apunts, de materials, de manuals o d'articles (sense la citació corresponent), d'altres estudiants, o per qualsevol altra conducta irregular.
La qualificació de suspens (D/0) en les qualificacions finals d'avaluació contínua pot comportar l'obligació de fer l'examen presencial per a superar l'assignatura (si hi ha examen i si superar-lo és suficient per a superar l'assignatura segons indiqui el pla docent).
Quan aquesta mala conducta es produeixi durant la realització de les proves d'avaluació finals presencials, l'estudiant pot ser expulsat de l'aula, i l'examinador farà constar tots els elements i la informació relatius al cas.
D'altra banda, aquesta conducta pot donar lloc a la incoació d'un procediment disciplinari i l'aplicació, si escau, de la sanció que correspongui.
La UOC habilitarà els mecanismes que consideri oportuns per a vetllar per la qualitat de les seves titulacions i garantir l'excel·lència i la qualitat del seu model educatiu.
|
L'assignatura només es pot aprovar amb el seguiment i la superació de l'avaluació contínua (AC). La qualificació final de l'assignatura és la nota obtinguda a l'AC. |