• Descripción

La disciplina bioinformática nace hace más de dos décadas como consecuencia de la necesidad de los biólogos para analizar cantidades elevadas de datos biológicos y adquiere gran importancia a raíz de la secuenciación competa de los primeros genomas. Por ejemplo, la creación del catálogo de genes de una especie puede comportar la predicción computacional de diferentes señales génicas a los largo de su genoma (normalmente de varios gigabytes), combinado con el alineamiento entre su secuencia y el genoma de otras especies para localizar regiones funcionales comunes.

En la práctica, la gestión de todos estos procesos y su posterior análisis no pueden ser llevados a cabo eficientemente de forma manual. De hecho, en los últimos años, el ritmo de obtención de datos es tan elevado que las herramientas bioinformáticas  se han hecho imprescindibles para su manejo.

La programación bioinformática se dedica al desarrollo de programas para organizar, analizar y visualizar cantidades enormes de datos biológicos.

• La asignatura en el conjunto del plan de estudios

Es una asignatura muy  aconsejable para perfiles biosanitarios, pero  también para perfiles técnicos que, aunque sepan programar, quieran conocer los problemas prototípicos de la bioinformática y como se resuelven usando las librerías específicas de Python.

Se aconseja cursarla conjuntamente con Herramientas Informáticas para la Bioinformática.

• Conocimientos previos

Si no se tienen conocimientos mínimos de manejo del entorno de programación Linux i de las líneas de comados básicos, se sugiere cursar previamente la asigantura de Herramientas informáticas para la bioinformática.

• Objetivos y competencias

La asignatura tiene por objetivo aprender a plantear soluciones algorítmicas a problemas bioinformáticos y a implementarlas en lenguaje Python. Para ello se  trabajan las siguientes competencias del Máster:
 
Competencia específica:

CE3- Adquirir las habilidades técnicas apropiadas para la bioinformática, como programación, creación y gestión de bases de datos, creación de páginas web, análisis y diseño de algoritmos, y conocer su uso y aplicación en la bioinformática.
 
  
Competencias transversales:  
 
CT2- Capacidad para la comunicación oral y escrita para la vida académica y  profesional.

CT3- Capacidad para proponer soluciones innovadoras y tomar de decisiones.

CT5- Capacidad para la comprensión, el análisis y la síntesis.

CT6- Capacidad para el diseño y la gestión de proyectos.

• Contenidos

1. Instalación y configuración del entorno de programación Python
   
   1. Herramientas del entorno Python
   2. Primeros pasos
2. Breve introducción a la programación en Python
   1. Introducción al lenguaje de programación Python
   2. Sintaxis básica del lenguaje de programación Python
   3. Primer programa
3. Conceptos fundamentales de Python
   1. Control de flujo
   2. Funciones y estructuras lógicas
4. Librerías científicas en Python
   1. Librerías matemáticas
   2. Librerías para la representación gráfica
5. ADN, ARN, secuencias y motivos
   1. Biopython
6. Testing y calidad del software
   
   1. Pruebas de software
   2. Testing aplicado a problemas bioinformáticos

• Consulta de los recursos de aprendizaje de los que dispone la asignatura

• Recursos de aprendizaje y herramientas de apoyo

En cada unidad encontraréis el material necesario para realizar un aprendizaje práctico. Esto incluye teoría, referencias bibliográficas, enlaces, enunciado y software necesario para desarrollarlo. Con esto se pretende que os familiarizéis con el contenido a través de la práctica (learn by doing). El material está disponible desde el espacio de recusos del aula desde donde se accede a la xWiki de la asignatura. 

Los módulos con los contenidos son notebooks IPython (http://ipython.org/notebook.html) que permiten ejecutar los ejemplos y ejercicios propuestos desde el navegador web y con la posibilidad de modificarlos para entenderlos mejor. De esta manera, los contenidos son interactivos y dinámicos.

El entorno de programación que se propone utilizará una máquina virtual con la distribución Lubuntu 18.04 LTS instalada y que funcionará sobre la arquitectura Oracle VM VirtualBox (https://www.virtualbox.org/). La máquina virtual ya dispone de todas las librerías Python instaladas que se  necesitan . La versión de Python escogida es la última estable de las series 3.6.

• Informaciones sobre la evaluación en la UOC

El proceso de evaluación se fundamenta en el trabajo personal del estudiante y presupone la autenticidad de la autoría y la originalidad de los ejercicios realizados.

La falta de autenticidad en la autoría o de originalidad de las pruebas de evaluación; la copia o el plagio; el intento fraudulento de obtener un resultado académico mejor; la colaboración, el encubrimiento o el favorecimiento de la copia, o la utilización de material o dispositivos no autorizados durante la evaluación, entre otras, son conductas irregulares que pueden tener consecuencias académicas y disciplinarias graves.

Por un lado, si se detecta alguna de estas conductas irregulares, puede comportar el suspenso (D/0) en las actividades evaluables que se definan en el plan docente -incluidas las pruebas finales- o en la calificación final de la asignatura, ya sea porque se han utilizado materiales o dispositivos no autorizados durante las pruebas, como redes sociales o buscadores de información en internet, porque se han copiado fragmentos de texto de una fuente externa (internet, apuntes, libros, artículos, trabajos o pruebas de otros estudiantes, etc.) sin la correspondiente citación, o porque se ha practicado cualquier otra conducta irregular.

Por el otro, y de acuerdo con las normativas académicas, las conductas irregulares en la evaluación, además de comportar el suspenso de la asignatura, pueden dar lugar a la incoación de un procedimiento disciplinario y a la aplicación, si procede, de la sanción que corresponda.

• Consulta del modelo de evaluación