Programació per a la bioinformàtica Codi:  M0.152    :  5
Consulta de les dades generals   Descripció   L'assignatura en el conjunt del pla d'estudis   Coneixements previs   Objectius i competències   Continguts   Consulta dels recursos d'aprenentatge de què disposa l'assignatura   Recursos d'aprenentatge i eines de suport   Informacions sobre l'avaluació a la UOC   Consulta del model d'avaluació  
Aquest és el pla docent de l'assignatura. Us servirà per planificar la matrícula (consulteu si l'assignatura s'ofereix aquest semestre a l'espai del Campus Més UOC / La Universitat / Plans d'estudis). Un cop comenci la docència, heu de consultar-lo a l'aula. (El pla docent pot estar subjecte a canvis.)

La disciplina bioinformàtica neix fa més de dues dècades com a conseqüència del a necessitat dels biòlegs per analitzar quantitats elevades de dades biològiques i adquireix gran importància arran de la seqüenciació completa dels primers genomes. Per exemple, la creació del catàleg de gens d'una espècie pot comportar la predicció computacional de diferents senyals gènics als llarg del seu genoma (normalment de diversos  gigabytes), combinat amb l'alineament entre la seva seqüència i el genoma d'altres espècies per localitzar regions funcionals comunes.

En la pràctica, la gestió de tots aquests processos i la seva posterior anàlisi no poden ser duts a terme eficientment de forma manual. De fet, en els últims anys, el ritme d'obtenció de dades és tan elevat qui les eines bioinformàtiques  s'han fet imprescindibles per al seu maneig.

La programació bioinformàtica es dedica al desenvolupament de programes per organitzar, analitzar i visualitzar quantitats enormes de dades biològiques.

     

Amunt

És una assignatura molt  aconsellable per a perfils biosanitaris, però també pot ser interessant a perfils tènics que, tot i saber progamar vulguin aprendre quins són els problemes proototípics de la bioinformàtica i com es resolen usant les llibreries específiques del llenguatge Python.

S'aconsella cursar-la conjuntament o després d'Eines Informàtiques per la Bioinformática.

Amunt

Si no es tenen coneixements mínims d'ús de l'entorn Linux i de les línies de comandes bàsiques es suggereix de cursar prèviament l'assignatura de Eines informàtiques per a la bioinformática.

Amunt

L'assignatura té per objectiu aprendre a plantejar solucions algorítmiques a problemes bioinformàtics i a implementar-les en llenguatge Phyton. Per a això es  treballen les següents competències del Màster:

Competència específica:

CE3- Assolir les habilitats tècniques apropiades per a la  bioinformàtica, com a programació, creació i gestió de bases de dades, creació de pàgines web, anàlisis i disseny d'algorismes, i conèixer el seu ús i aplicació en la bioinformàtica.

Competències transversals: 

CT2- Capacitat per a la comunicació oral i escrita per a la vida acadèmica i   professional.

CT3- Capacitat per proposar solucions innovadores i prendre de decisions.

CT5- Capacitat per a la comprensió, l'anàlisi i la síntesi.

CT6- Capacitat per al disseny i la gestió de projectes.

Amunt

  1. Introducció a la programació en Python
    1. Introducció al llenguatge de programació Python
    2. Sintaxi bàsica del llenguatge de programació Python
    3. Primer programa
  2. Conceptes fonamentals de Python
    1. Control de flux
    2. Funcions i estructures lògiques
  3. Llibrerires científiques en Python
    1. Llibreries matemàtiques
    2. Librerries per a la representació gràfica
  4. ADN, ARN, seuqüències i motius
    1. Biopython
  5. Testing i qualitat del programari
    1. Proves de programari
    2. Testing aplicat a problemes bioinformàtics
    3. Orientació o l'objecte

Amunt

Máquina virtual de 32 bits Programari en línia
Máquina virtual de 64 bits Programari en línia

Amunt

A cada unitat trobareu el material necessari per a realitzar un treball pràctic. Això inclou teoria, referències bibliogràfiques, enllaços, enunciat i programari necessari per a practicar el contingut. Amb això pretenem que us familiaritzeu amb el contingut a través de la pràctica (learn by doing). El material està disponible a l'apartat de Recursos (Google drive) des de l'enllaç  de l'aula.

Els mòduls amb els continguts són notebooks IPython (http://ipython.org/notebook.html) que permeten executar els exemples i exercicis proposats des del navegador web i amb la possibilitat de modificar-los per entendre'ls millor. D'aquesta manera, els continguts són interactius i dinàmics.

L'entorn de programació que proposem es basa en la plataforma Google Colab, que suporta l'ús de Python notebooks d'execució al núvol. Google Colab integra totes les llibreries Python que treballarem durant el curs i no necessita cap acció per part de l'estudiant per a instal·lar-se o configurar-se.

Amunt

El procés d'avaluació es fonamenta en el treball personal de l'estudiant i pressuposa l'autenticitat de l'autoria i l'originalitat dels exercicis realitzats.

La manca d'autenticitat en l'autoria o d'originalitat de les proves d'avaluació; la còpia o el plagi; l'intent fraudulent d'obtenir un resultat acadèmic millor; la col·laboració, l'encobriment o l'afavoriment de la còpia, o la utilització de material o dispositius no autoritzats durant l'avaluació, entre d'altres, són conductes irregulars que poden tenir conseqüències acadèmiques i disciplinàries greus.

D'una banda, si es detecta alguna d'aquestes conductes irregulars, pot comportar el suspens (D/0) en les activitats avaluables que es defineixin en el pla docent –incloses les proves finals– o en la qualificació final de l'assignatura, sigui perquè s'han utilitzat materials o dispositius no autoritzats durant les proves, com ara xarxes socials o cercadors d'informació a internet, perquè s'han copiat fragments de text d'una font externa (internet, apunts, llibres, articles, treballs o proves d'altres estudiants, etc.) sense la citació corresponent, o perquè s'ha practicat qualsevol altra conducta irregular.

De l'altra, i d'acord amb les normatives acadèmiques, les conductes irregulars en l'avaluació, a més de comportar el suspens de l'assignatura, poden donar lloc a la incoació d'un procediment disciplinari i a l'aplicació, si escau, de la sanció que correspongui.

Amunt

Aquesta assignatura només es pot superar a partir de l'avaluació contínua (AC). La nota final d'avaluació contínua esdevé la nota final de l'assignatura. La fórmula d'acreditació de l'assignatura és la següent: AC.

 

Amunt