La historia natural de las enfermedades se refiere al proceso de evolución de una enfermedad en un individuo, en el transcurso del tiempo y sin intervención. Según se muestra en la figura, la historia natural empieza con la exposición o acumulación de los factores capaces de causar enfermedad. Sin intervención médica, el proceso concluye con recuperación, discapacidad o muerte. Debido a la variabilidad natural, los individuos pueden presentar diferencias en lo que se refiere al tiempo y al tipo de manifestaciones específicas.

Generalmente un período de cambios patológicos subclínicos o inaparentes siguen a la exposición, concluyendo con el inicio de los síntomas. Para las enfermedades infecciosas, este período se llama el período de incubación; para las enfermedades crónicas, este período generalmente se llama el período de latencia. Incluso para una sola enfermedad, el período de incubación característico presenta un rango. Por ejemplo, los síntomas de la malaria pueden aparecer tan pronto como en 8 días y tan tarde como en 14 días, según la especie de parásitos, el número de parásitos inoculados por los mosquitos, la inmunidad previa, etc. Aunque las enfermedades no son evidentes en este momento, algunos cambios patológicos pueden detectarse a través del laboratorio u otros procedimientos. La mayoría de los programas de tamizaje apuntan hacia este período, para identificar a las personas tempranamente y proporcionarles el tratamiento antes de que su enfermedad progrese a un estadio posterior.

El inicio de los síntomas marca la transición entre el estadio subclínico y la enfermedad clínica. La mayoría de los diagnósticos se hacen en este estadio. En algunas personas la enfermedad nunca se manifestará a pesar de que esté presente (fenómeno también conocido como portadores sanos), mientras en otras puede aparecer con una constelación de signos y síntomas, variando de leve a severo o en las formas mortales de la enfermedad. Continuando con el ejemplo de la malaria, en ausencia de inmunidad natural, la mayoría de las personas infectadas contraerá la enfermedad; según las especies de parásitos, pueden desarrollar formas leves o severas, pero en unos pocos casos se producirá la malaria cerebral o la muerte.

Tres factores asociados con el agente, particularmente los infecciosos, determinan los resultados que puede tener una enfermedad: la infectividad, la patogenicidad y la virulencia.

Algunos agentes patógenos, como el virus del resfriado común, tienen una alta infectividad y una patogenicidad y virulencia bajas, ya que muchas personas expuestas contraen la infección, pero menos desarrollan la enfermedad clínica manifiesta y casi nadie contrae la enfermedad grave. Por el contrario, el virus del Ebola tiene una alta patogenicidad y virulencia, ya que casi todos los infectados contraerán la enfermedad y una gran parte de ellos llegarán a estar severamente enfermos o progresarán a la muerte.