En la transmisión indirecta, un agente transporta desde el reservorio hasta un huésped susceptible a través de las partículas en suspensión en el aire o por intermediarios animados (vectores) o inanimados (vehículos). La mayoría de los vectores son artrópodos como los mosquitos, las pulgas, las moscas y las garrapatas. Pueden llevar el agente mediante la transmisión netamente mecánica, que es cuando el agente no se multiplica o experimenta los cambios fisiológicos, o a través de la transmisión biológica, cuando el agente completa parte de su ciclo vital, se multiplique o no. Las moscas transmiten Shigella mecánicamente en sus patas o alas y las pulgas depositan el agente de la peste (Yersinia pestis) en la piel de un huésped. Por contraste, los mosquitos anofelinos transmiten la malaria después de que el parásito evolucione en sus intestinos y glándulas salivales, mientras el virus del dengue sólo se multiplica en los mosquitos de Aedes antes de la transmisión. Los vehículos que pueden transmitir indirectamente un agente incluyen alimentos, sangre, agua y fómites (objetos inanimados como pañuelos). Entre éstos encontramos las infecciones entéricas, el cólera, la hepatitis transmitida en un procedimiento quirúrgico, etc.
Puerta de entrada
Un agente introduce a un huésped susceptible a través de la puerta de entrada. Muchos organismos usan la misma puerta de entrada y de salida. El bacilo de la tuberculosis, por ejemplo, entra y sale a través de las vías respiratorias. Otros usan diferentes lugares del tracto intestinal para entrar y salir, como la transmisión oro-fecal de muchas bacterias. Otras puertas de entrada incluyen la piel (como para la uncinaria), la sangre (hepatitis B) y las mucosas (sífilis y tracoma).
Huésped
La conexión final en la cadena de la transmisión es el huésped susceptible. La susceptibilidad del huésped depende de muchos factores, incluidos el genético, inmunológico u otros factores generales, que modifican la capacidad del huésped para controlar una infección o limitar su patogenicidad. Los factores generales incluyen la piel, las mucosas, los ácidos ‘gástricos’, la cilia de las vías respiratorias, el reflejo de la tos y la respuesta inmunitaria no específica. La ‘malnutrición’, el alcoholismo y el deterioro de la inmunidad pueden alterar la efectividad de estos factores. Los factores específicos hacen referencia a las células y a los anticuerpos que están dirigidos a un agente específico y pueden obtenerse activamente (como en respuesta a la infección natural), o pasivamente (como en la transferencia de la placenta o a través de una inyección).