Antes del Reino Nuevo se emplearon diversos procedimientos de extracción del cerebro (por ejemplo, a través del foramen magnum) y de limpieza del interior del cráneo. Es a partir de la dinastía XVIII cuando empieza a documentarse la extracción del cerebro a través del orificio resultante de la fractura del hueso etmoides. Otra novedad es el cambio de orientación del corte que se practicaba para la extracción de las vísceras: de una orientación vertical paralela al costado izquierdo se pasó a una oblicua en la región superior del pubis. Además, se regularizó la posición de los brazos. En las momias reales los brazos se colocaban cruzados sobre el pecho, presumiblemente para que las manos del difunto pudieran sostener simbólicamente los cetros reales. Sin embargo, desde Seti I, las palmas se dispusieron normalmente abiertas, descansando sobre los hombros. En el caso de las mujeres de sangre real los brazos se colocaban a ambos lados del tronco, con las manos cubriendo el pubis; no obstante, en algunas de estas momias reales femeninas uno de los brazos, con el puño cerrado, aparece doblado a la altura del pecho, mientras la otra mano, abierta, descansa sobre el pubis. El resto de individuos, hombres y mujeres, presentan invariablemente los brazos a ambos lados del cuerpo, con las manos cubriendo los genitales. Con todo, no faltan excepciones, como en el caso del padre de la reina Tiye, Yuya, cuyos brazos están doblados de manera que las manos se sitúan a la altura del cuello. Se cree que esta aparente anomalía responde a la especial vinculación de Yuya con la familia real.

A muchas de las momias de este periodo no se les extraía la masa encefálica ni eran tampoco evisceradas, sino que sus órganos y tejidos blandos eran disueltos mediante la inyección de aceites resinosos.