El lugar elegido para la construcción de la tumba también varió a lo largo de la historia del Valle. Las primeras tumbas se construyeron a bastante altura en la zona de los acantilados, en la mayor parte de los casos aprovechando grietas naturales. A partir de mediados de la dinastía XVIII las tumbas empezaron a situarse en la parte inferior del uadi. La primera tumba situada en una zona relativamente baja es la de Amenhotep III (KV22).

A partir de la dinastías XIX y XX la orientación simbólica de las tumbas tiende a ser este-oeste con relación al eje central. La planta se simplificó en la dinastía XX, pero las proporciones se ampliaron. Desde el comienzo de la dinastía XX la orientación del sarcófago real, hasta ahora perpendicular al pasillo de acceso a la cámara funeraria, se alineó con el eje principal de la tumba.

La decoración parietal de las tumbas sufrió importantes modificaciones a lo largo de las tres dinastías. Los cambios en el programa iconográfico están directamente relacionados con transformaciones en el universo simbólico-funerario. Así, en la dinastía XVIII los motivos representados aluden al viaje del sol por el inframundo, mientras que en la dinastía XIX la decoración permite seguir también el viaje del sol por los cielos y destaca la importancia de Osiris, así como el papel desempeñado por otros dioses en el mundo subterráneo. En la dinastía XX la decoración trata específicamente del viaje del sol a través tanto de la tierra como de los cielos. La elección de los textos funerarios que decoran las tumbas y el lugar que ocupan en ellas son aspectos que están también relacionados con los diferentes programas iconográficos que hemos mencionado. A principios de la dinastía XVIII sólo se decoraba la cámara funeraria. Después la decoración se fue extendiendo hasta ocupar parte de la antecámara, para en la dinastía XIX llegar a cubrir toda la tumba. En este último estadio la iconografía plasma un viaje eterno de "ida y vuelta" realizado por el difunto de la oscuridad a la luz, de la muerte a la vida, un iter que mediante el eje simbólico este-oeste integra al difunto en el orden cósmico.

Las tumbas del Valle de los Reyes son propiamente hipogeos. La zona de culto, que hasta entonces había estado unida a la tumba, se construía separadamente en el límite de la tierra cultivada: se trata de los templos funerarios que los egipcios llamaban "templos de millones de años". Estos templos tienen la misma estructura que los templos a las divinidades porque también el rey es un dios. Como los grandes templos de Karnak y Luxor, también éstos consistían básicamente en un pilono y un patio (o dos o tres), una sala hipóstila (o hasta tres) y un santuario, todo dispuesto según un único eje este-oeste. A diferencia de los templos a las divinidades, estos templos poseían también un palacio real anexo al sur donde el rey podía ejercer sus funciones de soberano en el más allá.

En el Valle de los Reyes, además de tumbas reales, hay tumbas de nobles. Son hipogeos sin decorar que fueron preparados para personajes de la élite o para los príncipes reales. La mayor parte de estas tumbas, que podríamos llamar secundarias, fueron talladas durante la dinastía XVIII. Según su estructura arquitectónica pueden agruparse en dos tipos: tumbas grandes con escalera de acceso - que de algún modo siguen el esquema de las tumbas reales - y tumbas a las que se accede por medio de un pozo y que, en la mayoría de los casos, sólo tienen una cámara.

Pero las necrópolis no reales más conocidas de este periodo se encuentran en otros sectores de Tebas Oeste. Se trata siempre de tumbas excavadas en la roca, con un lugar destinado al culto funerario y una cámara funeraria a la que se accede por una rampa escalonada o por medio de un pozo. En la fachada exterior de la tumba, lo más característico es la presencia de un nicho sobre la puerta en el que se coloca una estatua estelófora. A partir de la dinastía XIX y como consecuencia de la importancia del culto solar, la superestructura adquirió mayor relevancia. Así, por ejemplo, en Deir el-Medina, por encima de las cámaras subterráneas se construye una pirámide de adobe. Las fachadas son ahora muchos más elaboradas. El patio exterior puede ser porticado, pero ya no es visible desde fuera porque el acceso a la tumba se realiza a través de un pilono similar al que encontramos en los templos. Las principales diferencias entre las tumbas de la dinastía XVIII y las del periodo ramésida (dinastías XIX y XX) las encontramos en el exterior, mientras que el plano interior es básicamente el mismo en ambos periodos. Las tumbas más simples presentan una planta interior en forma de T invertida: una sala transversal da paso a una longitudinal. Las tumbas más complejas se caracterizan por grandes salas de culto con columnas y pilares tallados en la roca. En ambos tipos las cámaras funerarias son sencillas y raramente están decoradas.

Las tumbas de la necrópolis de Deir el-Medina, el poblado de los obreros que trabajaban en la construcción de las tumbas del Valle de los Reyes, presentan algunas diferencias con respecto a las necrópolis de los nobles pero, en general, contienen los mismos elementos: un nivel superior "solar" constituido por las capillas funerarias y las pequeñas pirámides y un nivel inferior "osiriaco" representado por la cámara funeraria.

En Saqqara se han encontrado numerosas tumbas de este periodo. No son hipogeos, sino que presentan un edificio funerario en la superficie (capilla de culto) y una cámara funeraria a la que se accede a través de un pozo. La capilla de culto consta de dos elementos, un patio abierto y un nicho interior. Pero este sencillo diseño puede ser mucho más elaborado y presentar uno o más patios porticados (tumba de Horemheb). Como en el caso de las tumbas excavadas en la roca, sólo la capilla de culto está decorada.

A principios del III Periodo Intermedio surgió una forma de enterramiento real nueva que se iba a conservar hasta el periodo ptolemaico. Los reyes se enterraban en las ciudades en las que residían, situadas generalmente en el delta del Nilo. Sus tumbas están construidas en el patio de un templo, tienen forma de capilla y son relativamente pequeñas, sobre todo si se comparan con las tumbas privadas del mismo periodo. Las tumbas de los reyes de las dinastías XXI y XXII están en Tanis y ocupan la esquina suroeste del recinto del templo de Amón. En Menfis se han hallado complejos funerarios reales que incluyen, asimismo, tumbas de familiares del rey y altos funcionarios. Los reyes cushitas de la dinastía XXV fueron enterrados en necrópolis cercanas a sus capitales meridionales. Sus tumbas tienen forma de pirámide, con una capilla de culto adosada a su cara este.

Los reyes de las dinastías XXVI a XXX se enterraron también en sus respectivas capitales, en general, en el área del templo.

En el III Periodo Intermedio, sacerdotes y funcionarios se enterraban en tumbas colectivas y familiares o bien reutilizaban tumbas de periodos anteriores. La decoración es limitada y en general se concentra en el sarcófago. Las tumbas tebanas de las dinastías XXV y XXVI son similares a las tumbas menfitas del Reino Nuevo de Saqqara. Se trata de sepulcros monumentales que combinan diferentes elementos arquitectónicos o decorativos copiados de otras tumbas del Reino Antiguo. Las superestructuras de adobe, el patio abierto excavado en la roca y las cámaras funerarias subterráneas a las que se accede desde el patio son algunos de sus rasgos característicos.

A partir de la dinastía XXVI y hasta el periodo ptolemaico las necrópolis albergan una gran variedad tipológica: tumbas excavadas en la roca, tumbas en pozo y tumbas construidas en el interior del recinto de un templo.